Das wassergekühlte Kühlsystem verwendet eine Pumpe, um das Kühlmittel im Wärmerohr zirkulieren zu lassen und Wärme abzuleiten. Der wärmeabsorbierende Teil des Kühlers (im Flüssigkeitskühlsystem als wärmeabsorbierende Box bezeichnet) dient dazu, Wärme von der CPU, der Northbridge und der Grafikkarte des Computers aufzunehmen. Die vom wärmeabsorbierenden Teil aufgenommene Wärme wird über den auf der Rückseite des Rumpfs angebrachten Kühler nach außen abgeleitet.
Obwohl luftgekühlte Radiatoren im Bereich der PC-Kühlung heutzutage grundsätzlich dem Teufelskreis der lauten, heftigen Wärmeableitung entkommen sind, werden sie im Allgemeinen immer größer, haben mehrere Heatpipes und sind übergewichtig, was den Benutzern bei der tatsächlichen Verwendung und Installation der Radiatoren große Unannehmlichkeiten bereitet und auch die Tragfähigkeit und Druckbelastbarkeit von Computerzubehör auf eine harte Probe stellt. Angesichts der oben genannten Schwierigkeiten in der Zeit nach der Luftkühlung werden wassergekühlte Radiatoren von der Mehrheit der Computerbenutzer allmählich akzeptiert.
Als ausgereifte Wärmeableitungstechnologie wurde die wassergekühlte Wärmeableitung schon immer häufig in der Industrie eingesetzt, beispielsweise zur Wärmeableitung von Autos und Flugzeugtriebwerken. Die Anwendung der wassergekühlten Wärmeableitungstechnologie im Computerbereich liegt nicht daran, dass die luftgekühlte Wärmeableitung ihr Ende erreicht hat, sondern daran, dass die Wärmeableitungsgeschwindigkeit von Flüssigkeiten viel höher ist als die von Luft. Daher haben wassergekühlte Radiatoren oft eine gute Wärmeableitungswirkung und auch die Geräuschentwicklung lässt sich gut kontrollieren. Aufgrund ihrer Vorteile hinsichtlich Wärmeableitungseffizienz und Geräuscharmut kamen wassergekühlte Radiatoren bald nach der Popularität der Luftkühlung auf den Markt. Glücklicherweise wird die Wasserkühlung im Computerbereich heutzutage immer beliebter, und das liegt an den großen Fortschritten bei der Sicherheit und Stabilität der Flüssigkeitskühlung.